北京大学深圳医院生殖医学科成立于2000年，于2002年通过卫生部人类辅助生殖技术评审，成为当时广东省三家、深圳市唯一一家首批获得准入的专科，同年被确定为深圳市重点医学专科。2003年被评为广东省特色专科。该科致力于各种生育功能障碍的临床诊治及相关基础研究，将现代辅助生育技术应用于临床。

北京大学深圳医院生殖医学科集医、教、研为一体，作为北京大学博士后培养工作站、生殖内分泌学博士点及硕士点，同时为汕头大学医学院、安徽医科大学硕士点，为生殖领域培养和输送了大批专业人才，先后承担广东省自然科学基金、中国博士后科学基金、中国博士点基金、广东省医学科研基金、深圳市科技局重点项目等十余项科研项目。各项诊疗技术、质量指标及科研工作均达到国内先进水平。治疗成功率位于国内领先地位。

科室目前开展以治疗不孕不育症相关的多种诊疗技术，治疗范围涵盖了影响生殖健康的多种疑难疾病如：多囊卵巢综合征、排卵障碍、黄体功能不全、盆腔炎症性疾病、男性因素、免疫因素、子宫内膜异位症、子宫肌瘤、卵巢早衰、宫腔粘连及不明原因性不孕等常见类别的不孕症。科室拥有先进的医疗设备，精湛全面的各项技术，完成了国内首例“单精子卵胞浆显微注射受精”生殖中心技术。

已成功开展的辅助生殖技术：宫腔内生殖中心（IUI）、体外受精-胚胎移植（IVF-ET）、卵胞浆内单精子显微注射（ICSI）、冻融胚胎移植（TET）、宫腔内配子移植（GIUT）、不成熟卵母细胞体外成熟培养（IVM）、辅助孵出、序贯囊胚培养以及卵子和胚胎的玻璃化冷冻保存、子宫内膜局部修整、微刺激周期及自然周期IVF、多胎妊娠减胎技术、胚胎辅助孵化、卵母细胞冻存、精子冻存、卵巢组织冻存，附睾穿刺取精术、睾丸活检术、包皮环切术等等。男科新开展的手术项目：显微睾丸取精术，输精管吻合术，输精管附睾吻合术、精囊探查术、显微精索静脉结扎术等多项技术。

男科实验室开展项目：常规精子质量与形态学检查、精子顶体酶活性定量检测、精子膜表面抗体、精浆生化（中性α-葡糖苷酶、果糖、弹性硬蛋白酶）定量检测、精子低渗功能渗透法检测（HOS实验）、精子核完整性检测（DNA）、性交后实验等诊疗技术。