胸外科是一个集临床、教学、科研及管理为一体的学科，是国家级临床重点专科、广东省和广州市重点学科，作为全国首家胸外科卫生部培训基地，是华南地区唯一拥有肺移植资质的医疗机构。

　　胸外科继续巩固原有优势，在何建行教授的带领下，以建立研究型科室为出发点，向胸外科移植领域努力开拓，2003年成功完成华南地区第一例临床同种异体肺移植。迄今为止，本学科已经成功完成53例临床肺移植，是全国完成临床肺移植手术例数最多的单位之一，成为卫生部批准的第一批肺移植资格单位。此外，本学科还进行了众多技术创新，推动胸外科技术再上新台阶，例如：2007年开始使用肌皮瓣转移技术修补巨大食管、气管缺损，解决了进行此类手术时需要面对的“选择修补材料”和“选择手术方式”这两大难题；2011年开展非插管胸腔镜手术；2012年引进瘤内放疗技术，将胸部手术从表面微创向整体微创推进。本学科还大力引进基因检测和蛋白质基因组学等先进技术，致力于研究和开展肿瘤病人的个体化治疗，其中，肺癌病人的个体化治疗成果发表在国际知名杂志《Lancet》、《JAMA》上。

　　胸外科由于拥有良好的学术传统，经过四十余年的发展，本学科逐步形成以微创诊治胸部疾病、早期肺癌诊治和呼吸系统器官移植为显著特色的产学研教平台，具备11个稳定的研究方向及研究团队，开展了与国际先进水平接轨的跨学科胸外科技术的临床应用。尤其在肺癌微创个体化诊治、局部晚期肺癌的扩大切除及重要脏器功能重建、复合型胸部创伤的功能重建、肺移植及气管移植、微创肺减容及肺大疱切除、肺部真菌感染疾病的外科治疗、胸腺瘤及重症肌无力的微创诊治、转肌皮瓣重建胸内器官技术、微创食管癌切除、微创胸外科器械研发、中国南方人肺癌肿瘤生物资源库、肺癌个体化治疗预后和肺癌多中心国际药物临床研究等方面走在了全国前列。