1、先天性巨结肠首创根治手术方式。2、新生儿期（0~3月）先天性巨结肠诊断标准、手术治疗、病理及发病机制研究。3、先天性巨结肠。4、小儿急腹症早期诊断治疗。5、小儿短肠综合征诊断治疗及病理研究，新生儿外科病人营养支持。6、Pena手术治疗先天性肛门闭锁。7、一次性直肠、阴道、尿道成形术。8、婴幼儿肠套叠病因研究及美克尔憩室诊断新方法的实验研究。9、小儿血管瘤治疗。10、微创外科。11、电子纤维结肠镜。
医院儿外科为全国规模最大、分科最细、学术水平位于国内前列的小儿外科临床、教学及科研中心。1965年由我国小儿外科创始人陈文龙教授、王赞尧教授创立。经过半个多世纪三代医务工作者努力奋斗，医院胃肠外科和新生儿外科在医疗教学、科研方面已建成国内领先的专科。
科室现有医生16名，含教授1名，副教授7名；其中医学博士6名，硕士5名。现有多个学术团体的委员：中华医学会小儿外科分会肿瘤学组副组长、《中华小儿外科杂志》编委、重庆市肛肠专业委员会副主任委员（王佚教授）；中华医学会新生儿外科学组委员（刘伟副教授）；中华医学会小儿外科学会新生儿学组委员，中华医学会重庆分会小儿外科专委会委员，重庆医学会微创外科专委会委员（李晓庆副教授）；中华医学会小儿外科分会肛肠学组委员（何昀副教授）。
护理队伍梯队建设合理，现有护士31名，含主任护师1人，主管护师3人，专科护士数名（包括新生儿、造口、PICC等专科护士），注重专科护士岗位设置及技能培养，多次获全院技能操作比赛奖励。
全科在主任及护士长带领下注重提高医护安全及医疗质量，注重人文精神展示，让病人满意、家属满意，获重庆市青年文明号及重庆市巾帼文明科室称号。
1、科室采用直肠粘膜吸引活检术，结合CR组织化学染色方法，改良经肛门直肠切除，结肠直肠吻合术，明显提高了新生儿先天性巨结肠的诊治效果。
2、腹腔镜辅助经肛门直肠乙状结肠切除斜形吻合术，治疗巨结肠千余例，创伤小，并发症少。
3、采用腹腔镜及Pena手术治疗先天性复杂肛门直肠畸形及一穴肛，获得良好临床效果。近10年完成高位肛门闭锁手术近千例，无严重大便失禁病例，并在排便功能障碍的矫治及训练方面走在了全国的前列。
4、小儿血管瘤专科30多年治疗十几万余例，疗效好，影响广，相关基础研究具有原始创新性，已成为我国小儿血管瘤、淋巴管瘤诊治研究中心。建立医护一体化血管瘤门诊，更好地治疗和管理血管瘤患者。
5、微创外科：开展小儿腹腔镜辅助幽门环肌切开术、新生儿巨结肠根治术、高位无肛等手术，效果优良。
6、电子纤维结肠镜开展10多年来，诊治1000多例，无一例出现严重并发症，减轻病人痛苦和经济负担，疗效满意。
1、门诊开展标准化回流灌肠，降低术后并发症的发生率，提高灌肠的安全性和效率，缩短住院时间，降低住院费用。
2、肛直肠畸形术后延续护理，通过建立术后个性化肠道管理，包括生物反馈、灌肠治疗、心理、膳食干预等，取得满意治疗效果。
3、造口伤口护理：拥有1名国际造口治疗师，擅长造口心理咨询、造口并发症的预防及处理，各种急慢性伤口、术后切口感染、压疮等问题的处理。
