杭州市儿童医院是由杭州市政府全额投资新建的一所市属非营利性公立医院，经省卫生厅批准，按三级甲等儿童医院建设，目前核定编制560人，核定床位500张。

医院于2009年1月20日开张试运行，2012年7月市六医院整体搬迁，医院正式独立运行，近几年来的努力建设发展，目前医院已开设普内科、普外科、感染科、新生儿科、眼科、中医科和儿童保健科等专业，日门诊量已突破1100人次，床位使用率超过100%。医院感染科现为杭州市医学重点学科。承担了省科技厅、省卫生厅、市科技局和市卫生局等多项课题。承接多家高等医学院校教学任务。医院感染科无论门诊还是住院规模、无论医疗技术还是服务品质均已达到国内领先水平，手足口病更是成为省内重症定点诊治医院。综合楼启用后准备增设皮肤科、耳鼻喉科、口腔科、骨科等专科。

在人才建设方面医院正通过各类途径引进、招聘儿科多专业人员。现有在职人员493人,其中卫生技术人员396人。

根据市委市政府和市卫生局的要求，市儿童医院将加快建设和发展速度，目前正在对3万平米的十六层病房大楼进行装修改造已竣工验收结束准备启用。一个崭新的，极富儿童特色的，拥有500张床位的儿童医院即将呈现在杭州百姓面前。同时，在医院西侧正在启动新建一幢儿童医疗综合楼，建筑面积6万平方米，设计床位500张，预计2014年底开工，建设周期3年。改造和新建工程结束后医院床位将达到1000张。通过引进先进的设计和管理理念，新建的杭州市儿童医院将会成为一所管理现代化、服务品质化，充分体现儿童特色的现代化医院。