中山三院胃肠外科是国家级重点学科、卫生部国家级临床重点专科普通外科的主要分支；成立于2004年，在学科带头人卫洪波教授带领下，目前已发展成为集医、教、研为一体，在国内有广泛学术影响的临床科室。科室开放床位50张，在编医师14名，其中教授1名，主任医师1名，副主任医师6名；共12人获博士学位。

作为广东省医师协会微创外科分会主委单位、教育部外科学博士生培养点、卫计委住院医师培训基地及县级医院骨干医师培训基地，每年为社会培养大批优秀的专业人才。

科室致力于胃肠肿瘤的手术及微创治疗，大力开展临床研究，同时以结直肠癌干细胞为基础科研方向，获得包括3项国家自然科学基金在内的省、部级科研基金项目30余项；在国内外著名期刊上发表学术论文150余篇。

科室着眼于国际医学发展前沿，率先开展腹腔镜胃癌和结直肠癌手术，逐步形成了以腔镜微创手术为核心的胃肠道肿瘤综合治疗模式，目前已完成2000余例，长期生存率高于国际平均水平！

保留盆腔自主神经的腹腔镜直肠癌根治术是我们的优势项目，为众多患者保护了术后的排尿和性功能；腹腔镜胃癌手术在保证根治基础上为患者提供了更快速的术后康复；2012年开始，我科开展腹腔镜胰十二指肠切除术，目前完成病例数量及质量均处于国内领先水平；我们还开展腹腔镜下袖状胃切除减肥手术、腹腔镜疝修补术、腹腔镜阑尾切除术、腹腔镜直肠脱垂悬吊固定术等多种微创手术。