肝硬化科与肝病研究所科所合一，科研与临床并重，以中医药防治慢性肝脏疾病（尤其是慢乙肝肝纤维化、肝硬化及其并发症、肝癌）为主要研究方向。现为国家教育部重点学科（中医内科学）及肝肾疾病病证教育部重点实验室的核心团队；为国家中医药管理局重点学科(中医肝胆病学)、中医肝病重点研究室及首批三级实验室；为上海市重点优势学科、上海市中医临床重点实验室；为中国中西医结合学会肝病专业委员会挂靠单位。
该科/所拥有装备精良的实验室与临床基地。配置肝脏瞬时弹性扫描仪，肝病治疗仪、腹水浓缩回输系统、B型超声、消化内镜、舌脉象采集系统等常规及肝病专用临床诊疗设备，专科医疗与研究设备近5000万元。常规独立开展肝组织病理活检、门脉高压的消化内镜检查及治疗。并已建立规范的肝硬化中医临床信息采集量表、临床信息数据库、生物样本库等。肝硬化病区开放床位35张，肝硬化单病种门诊量6万余人次。2014年出院患者1681人次，床位使用率119.56%，平均住院天数为8.21天。共有全职医生8人，高级职称3人，中级3人，初级2人。护士14人，主管护士3人。
该科/所拥有一支精干的科研队伍，现有研究员、教授、主任医师8名，博士生导师4名，享受国务院政府特殊津贴者5名。在国内业界具有较高的学术地位：全国专业学会主任委员1人、副主任委员5人。国家级新世纪百千万人才工程2名、教育部新世纪优秀人才1名、上海市名中医3名、上海市领军人才3名、上海市优秀学科带头人2名、上海市“曙光学者”2名等。
该科所拥有荧光定量基因扩增仪、全自动生化分析仪、流式细胞仪、Maldi-Tof质谱仪、高内涵药物筛选系统、荧光活体内镜、UPLC-MS液质联用仪、液体闪烁发光测定仪、氨基酸液相分析仪、高压液相色谱仪、数字病理系统、倒置荧光显微镜、激光共聚焦显微镜等先进仪器设备。研究条件良好，并实现对外开放。
近五年来，获国家“973”计划1项(首席科学家单位)、国家十一五、十二五科技重大专项(传染病专项、新药专项)6项，国家自然基金重大计划重点项目1项，国家自然基金其他项目15项。已结题国家级课题16项(含国家973项目、国家自然基金、国家十一五重大专项、国家重大新药创制平台项目等)，省部级9项。科研成果获国家及省部级二等奖以上奖励共计8项（获上海市科技进步一等奖1项、二等奖2项；国家教育部技术发明二等奖1项、国家教育部自然科学二等奖1项；中国中西医结合学会科技进步一等奖1项、中华医学会科技进步二等奖1项；上海科技成果转化促进会一等奖1项）。申请专利23项，获专利授权6项。实现成果转化3项，在核心期刊上发表标注论文280篇，其中，SCI统计源期刊论文60余篇。编写教材4部，撰写专著3部。牵头起草了我国首部《中西医结合抗肝纤维化指南》。
于2002年成功研发抗肝纤维化中药新药——扶正化瘀胶囊（片），发现其多途径作用机制、部分有效物质及其组分配伍特点，并因此获得2003年度国家科技进步二等奖。2012年年销售额超过2亿元人民币。现已完成美国中医药抗慢性丙型肝炎的II期临床试验，引领了我国中医药抗肝纤维化的研究发展方向，并促进其国际化发展。
