上海曙光医院药剂科下辖中药房、西药房、制剂中心（中药制剂研究室）和临床药学科，主要开展门急诊病人的调剂，自制制剂的配制，临床药学服务以及药物研究等多方面的工作。药剂科现共有职工173人，其中药剂人员165人，占总职工数的95%。主任药师2人，副主任药师6人，主管药师17人，药师（士）129人。博士1人，硕士3人，本科学历16人。博士生导师2名。
服务项目（一）服务特长中药房包括草药室、成药室及煎药室，提供临床医疗所需的中药饮片750余种，中成药320余种。草药室饮片日配方平均2000张左右，约22000帖；成药室日门诊处方在2000张左右；每年膏方约7000料。为解决患者煎药难问题，煎药室配有韩国煎药机6台，真空包装机3台，完全实行中药煎药袋装化。为了与现代化医院相匹配，中药房从2004年起在东院尝试小包装饮片结合条形码扫描技术，使调配剂量准确，校对无误，环境整洁，劳动强度降低。另外在中药饮片颗粒剂调配中采用了电子配方机操作。
西药房包括门急诊、住院药房，日门急诊处方在2200张左右。东院的静脉药物配置中心负责静脉输液药品的冲配、发放工作，保证药品冲配过程无污染。
门诊药房还设有专人负责的咨询窗口，为病人提供药品咨询服务，解决病人的用药问题。
制剂中心包括中西药制剂室、中药制剂研究室和药品检验室。制剂室目前能配制中西药剂型24种，有批准文号的制剂111个。拥有中药提取浓缩、中西药液体制剂和固体制剂等制剂设备，日提取中药饮片300~400公斤。制剂年产值1000多万元。
制剂中心集生产、科研为一体。早在上世纪八十年代就开展将医院特色制剂开发成新药的工作。1985年被定为全国3个剂改中心之一，1993年被定为全国中药制剂和剂型改革基地建设单位，1996年通过国家中医药管理局验收，被正式确认为全国中药制剂和剂型改革基地。2003年成为上海市第一批通过的国家中医药管理局三级实验室。在2000年建立的J&J-ShuguangTCMResearchCenter，由中药制剂研究室负责日常工作。制剂中心设备总价值近400万元。
随着医药事业的发展，对医院药学工作提出了更高的要求，为了不断拓展业务，密切医药结合，为病人提供安全、有效、合理的药物，该院于1998年成立了临床药学科，开展面向临床的药学服务，包括下临床参加主任查房，进行用药讨论，提供药物信息，监测药物不良反应，提出合理用药建议等工作。每月定期出版《曙光药讯》，并参与该院药物使用手册、抗菌药物分级管理制度以及抗菌药物临床应用实施细则的编写工作。
教学工作作为上海中医药大学中药学博士和药剂学硕士研究生培养点之一，现有博士生导师2名，已毕业博士生4名，硕士生7名，目前在读博士生1名，硕士生3名。作为药学专业学生教学见习和毕业实习基地，承担上海中医药大学、上海市医药职工大学、上海市药剂学校、上海市医药学校等学生的实习带教以及毕业课题工作，学生包括7年制、本科生、大中专生以及进修生等。
科研工作主要研究方向为结合临床进行中药剂型改革，开展中药新药研究、药物新技术新剂型研究以及中药大分子有效物质的研究。
药剂科在科研方面拥有一支结构较为合理的学术梯队，新药开发方面积累了丰富的经验。自主研发的中药新药荆银颗粒于2000年取得了国家药品监督管理局的临床研究批文，2002年完成了成果转让，目前正在申请新药证书和生产批文。2003年密骨胶囊新药研究获得国家药品监督管理局的临床研究批文，目前临床研究工作也已结束。
另有从医院自制制剂成功转让成为上市药品的，如研制于上世纪70年代的感冒退热冲剂，获国家银质奖，迄今仍被应用于临床；研制于上世纪80年代的胆乐胶囊，已由浙江制药企业生产；研制于上世纪80到90年代的复方消痔栓，已由上海中医药大学制药厂生产。
多年来发表论文70余篇。承担了国家七五、八五、九五、十五攻关项目、国家863课题、国家自然科学基金以及上海市科委、上海市卫生局的多项科研课题的研究。近5年来承担市级以上中标课题18项，其中作为课题第一负责人的中标课题有国家863课题1项、上海市科委新药基金等5项。已完成的研究项目16项，在研课题3项。近5年来获得中华人民共和国教育部二等奖和上海市科学技术进步奖二等奖各1项，上海市科技成果1项。另外申请发明专利10项，专利授权4项。
