衢州市中医医院中西医结合泌尿外科是衢州市重点专科，集临床、科研、教学于一体，科室与上海仁济医院泌尿外科联合成立“泌尿外科微创诊治中心”，定期有上海仁济医院泌尿外科专家来院坐诊手术，开展各类复杂疑难手术，科室综合实力处于地区领先水平，目前开放床位30张。

科室拥有进口等离子前列腺电切镜（衢州地区独家拥有设备）、输尿管硬镜、输尿管软镜、钬激光、腹腔镜、气压弹道碎石机、体外震波碎石机、尿流动力学检测仪等先进设备。目前泌尿科独立开展泌尿外科各级各类手术，如肾癌根治术、保肾单位肾肿瘤切除术、复杂肾结石取石手术、膀胱癌根治术、输尿管各种类型手术及腹腔镜泌尿科手术。尤其在前列腺、膀胱疾病、泌尿系结石领域的微创手术治疗为科室特色，率先在衢州地区开展经尿道输尿管镜下碎石术、经尿道等离子电切镜治疗前列腺增生、尿道狭窄、膀胱肿瘤。同时在小儿泌尿疾病如小儿隐匿性阴茎延长术，女性压力性尿失禁也积累丰富经验。目前，科室开设泌尿系结石、排尿功能障碍、生殖器健康、中西医结合男科、血尿等专病门诊。

科室中医特色浓厚，善于应用中医特色疗法，如中药熏蒸、穴位贴敷、针灸、中药灌肠等，治疗各种常见泌尿系疾病。中西医结合方法治疗男性科疾病、泌尿系结石方面也有独到之处。