昌平中医院妇产科为院内重点科室，该科设置床位29张，拥有医护人员39名，高级职称7名，中级职称13名，初级职称19名。在我区率先引进美国生产的LEEP刀，用于宫颈糜烂、宫颈息肉、HPV感染等常见病的治疗；开展了数码电子阴道镜诊断、腔镜微创手术；宫颈癌及内膜癌根治术、腹膜外剖宫产、半腹膜外及改进式阴式子宫切除、会阴重建、处女膜修补术等达区内先进水平。

昌平中医院妇产科病房设有新生儿游泳室，开展新生儿游泳及新生儿抚触。