昌平中医院外科为院内重点专科，该科设置床位35张，拥有医护人员19名，其中高级职称 4名，中级职称 6名，初级职称 9名。以各脏器损伤、腹腔镜微创手术、甲状腺、乳腺、胃肠及肝胆手术、急性胰腺炎、下肢静脉曲张、各种肿瘤根治为特色。根据业务开展，现已形成微创外科、肝胆外科、泌尿外科、胸外科、肛肠外科等多学科发展体系。可实施甲状腺、乳腺、胃、肠道、结肠、直肠等常规手术、肿瘤根治术及各系统脏器损伤的手术。可行全胃外营养支持治疗重症胰腺炎，外科营养状态低下，各系统肿瘤化疗等。
　　昌平中医院微创外科，可行胆囊切除术、胃穿孔修补术、阑尾切除术、各种腹部外伤探查术等。
　　昌平中医院外科泌尿外科可行膀胱镜检查，运用膀胱镜取石；膀胱肿瘤切除术；前列腺电切术；肾癌切除术；前列腺切除术；肾输尿管切开取石术等。
　　昌平中医院胸外科可实施胸部闭和性及开放性外伤的救治以及食管及肺部良、恶性肿瘤、支气管扩张症、肺脓肿、肺囊肿、肺大泡、脓胸、气胸、膈疝等疾病的手术治疗。
　　昌平中医院肛肠外科中西医治疗内痔、外痔、混合痔、肛瘘、肛周脓肿、肛裂、肛乳头瘤、肛门失禁、肛门狭窄、直肠息肉、直肠脱垂、直肠前突、耻骨直肠综合症、顽固性肛门痛痒等各种肛肠疾病，开展PPH手术。