广州新海医院消化内科是医院的重点专科，全国胃肠病诊治协作组基地，广州市和交通部系统消化科研协作组成员，包括消化内科病房、内镜室、专科（家）门诊及感染疾病组、肝病门诊、肠道门诊。

广州新海医院消化内科对消化系统疾病的诊治有较高水平，对消化专业疑难及急危重症的救治有丰富的经验。于1982年开设纤维胃镜检查，1984年开设纤维结肠镜检查，属于广州市开展纤维胃肠镜检查较早的医院之一，并于2004年8月开展了电子胃镜检查技术。目前科室内窥镜室拥有电子胃镜、结肠镜和十二指肠镜等先进的医疗设备，除开展常规胃肠镜检查外，还开展镜下活检、染色、止血、取异物和息肉切除等内镜诊疗项目。并根据病人需要、病情变化开展无痛胃肠镜检查和急诊胃肠镜检查，难度较高的十二指肠镜下逆行胰胆管造曩检查达到三级医院水平。科室设有消化实验室开展消化系统疾病的研究，目前开展幽门螺杆菌检测的一分钟尿素酶法、病理切片法及14C、13C吸气试验，达到国内先进水平。重视科教工作，承担及完成院内科研课题20余项，在省级以上医学刊物发表论文百余篇，年接受医药院校、护校的实习医生和护士30多人。

广州新海医院消化内科技术力量雄厚，现在拥有主任医师1名、副主任医师2名、主治医师4名，其中硕士生导师1名，在读硕士生1名。