喀什地区传染病院隶属于喀什地区第一人民医院，是在喀什地区第一人民医院感染科的基础上发展起来的专科医院，始建于1974年。为新疆南疆区域性中心医院，医院占地面积万余平方米，是喀什地区唯一收治传染性疾病、各种肝病和艾滋病的定点医院。肝病治疗中心、艾滋病抗病毒治疗中心均设在该院。该科是具有新疆医学会感染病专业委员会委员资质所在科室。

该科室是该地区最大的一所集医疗、教学科研、预防于一体的专业医疗机构，担负着全区12个县区的传染病防治工作及该地区传染病及艾滋病的培训任务，承担该地区突发传染病及重大疫情发生的应对任务。在2003年抗“非典”以来是喀什地区重大传染病（非典、禽流感、麻疹、甲流、流脑、黑热病、手足口病等）临床救治专家成员所在科室，是该地区重大传染病门诊、隔离、救治的专门病区所在科室，为喀什地区应对重大传染病诊疗、隔离、救治工作做出了积极、重要的贡献；科室多次被评为“应急突发先进集体”、“服务标兵科室”，并有两人荣获喀什地区“应对突发公共卫生事件先进个人”、“应急医疗救治先进个人”等荣誉称号。