普外二科是该院重点科室，乳腺肿瘤、胃肠道肿瘤、血管疾病及肛周疾病的诊疗是该科特色，在门诊大楼设有该科专家门诊、肛肠门诊及乳管镜门诊。该科室共有医护人员29人，全科现有博士2人，硕士11人，科室现有固定床位58张，开放床位60张。
乳腺肿瘤：该科以乳腺癌根治术为基础，严格把握适应症开展乳腺癌的前哨淋巴结活检术、保乳手术及乳腺重建术。
胃肠肿瘤：在实施消化道肿瘤根治术方面，以结直肠癌根治术为主，开展腔镜下结直肠癌根治术、直肠癌的低位保肛术，降低手术创伤，提高保肛率，并结合自主神经保护，明显提高患者生存质量。
血管外科：包括动脉瘤的瘤体切除术、人工血管置换术、腔内血管支架植入、动脉栓塞的动脉导管取栓术及动脉置管溶栓术、下肢深静脉置管溶栓术、下腔静脉滤网植入术、颈内动脉内膜剥脱术等。
同时，对于恶性肿瘤，该科有着几十年的综合治疗经验，规范按照指南进行恶性肿瘤的放化疗、新辅助放化疗、内分泌治疗、靶向治疗，并能熟练的处理各种综合治疗的并发症。
普外三科：石河子大学医学院一附院普外科创建于1949年，半个多世纪以来，经过几代人的努力，目前已建成为石河子大学重点学科、硕士研究生授予点。近年来，在学科带头人彭心宇教授带领下，把握学科国际发展动态，科学管理，在医、教、研各个方面均取得了很大的突破。普外三科目前拥有主任医师4人，教授2人，副教授2人，享受政府特殊津贴2人，硕士研究生导师3人，固定床位48张。
