上海东方医院肿瘤科是上海市医学重点专科，浦东新区肿瘤学重点学科群。现有医师18名，其中教授、主任医师3人、副主任医师5人，博士生导师2人，硕士生导师3人；博士12人、硕士6人。
　　肿瘤科作为医院的特色及重点学科，目前拥有床位100张，2016年南院已建成了拥有25张床位的一期临床试验中心。另有日间化疗病床33张，年诊治能力达到50000余人次，位居上海市三甲综合性医院同类学科前列。学科专注胃癌、肠癌、肝癌、乳腺癌、肺癌、胰腺癌、妇科肿瘤的复发与转移早期诊断和治疗，形成以胃癌综合治疗为特色，并在上海市率先开展肿瘤多学科团队讨论制度，由肿瘤内科、放疗科、肿瘤外科、影像科、病理科等，根据每位肿瘤患者病情，应用手术、放疗、化疗、靶向治疗、细胞免疫治疗，肿瘤微创介入治疗、射频消融治疗等技术手段，并依据患者的分子病理诊断，提倡精准治疗原则，提供符合国际规范的多学科诊治服务和全面规范的个体化治疗方案。
　　科室自2009年以来，与全美排名第一的MD-Anderson癌症中心进行广泛的基础与临床合作，依托国外领先的技术水平服务于该院肿瘤患者。 2016年上海知名肿瘤专家、中国临床肿瘤学会（CSCO）秘书长李进教授这位肿瘤界大腕也落户东方，正式成为肿瘤医学部主任，以打造亚洲一流肿瘤学科为目标，必将领衔肿瘤科再创辉煌。
　　上海东方医院肿瘤科是同济大学肿瘤学博士点、硕士点。近3年来，获得包括国家自然科学基金在内的国家级科研项目15项，省部级科研课题23项，科研经费逾千万元，研究聚焦于胃癌肿瘤复发、转移机制及治疗策略研究，在国际著名的肿瘤杂志《Gastroenterology》《Cancer Research》《Clinical Cancer Research》上发表SCI收录论文十余篇。共有15人入选上海市、浦东新区人才培养计划。