上海市胸科医院病理科开展胸部疾病病理诊断工作40余年，在专科病理方面积累了丰富的经验。目前每年胸部组织病理学标本4000余例，细胞穿刺涂片、支气管镜刷片及脱落细胞涂片15000例，会诊病例约1000例，在胸部疾病的病理学及细胞学诊断数量及质量上居上海市之首。目前能够开展的项目有：常规病理诊断，术中快速冷冻切片诊断、肿瘤穿刺、脱落细胞学检查及膜式液基细胞学检查，免疫组织化学及免疫细胞化学，原位杂交，特殊染色，基因重排及其他分子病理学诊断技术。多次参加国家攻关课题、2轮上海市领先学科建设，正在打造上海市肺部肿瘤临床医学中心。现有医师4名，技师6名，其中，副主任医师2名。长期接受外院疑难胸部疾病的病理学及细胞学会诊，为全国各地培养多名胸部病理及细胞专业医师。该科室拥有免疫化学实验室、分子生物学实验室及肿瘤蛋白质组实验室。主要设备有ICM-2000DNA图像分析系统、5人共览显微镜、OLYMPUS显微摄影系统、PCR仪、Leica系列病理设备（冰冻切片机、石蜡切片机、包埋机、磨刀机）、Sandon系列病理设备（石蜡切片机和全自动脱水机）双向电泳系统。在上海市率先引进经美国FDA认证、国际领先的细胞学技术-----膜式液基薄层细胞学检测技术，即新柏氏TCT（ThinPrepCytologyTest）检测系统，使细胞学诊断迈上了新的台阶，达到国内领先水平。
医疗特色：胸部（肺、食管、纵隔、胸膜及心血管）疾病尤其是肿瘤和疑难杂症的病理诊断和鉴别诊断。在胸部肿瘤（特别是肺癌和胸腺肿瘤）的病理诊断上居国内先进水平。
2001年在国际上首次提出胸腺瘤分级的建议，与诊断和治疗密切相关。
2002年在国际上首次提出交界性胸腺瘤的概念，提出了组织病理学诊断标准。
2003年在国内率先进行肺癌脱落细胞多技术联合检测，肺癌确诊率全市最高。
发展方向：建设符合精品专科医院要求的病理科，注重病理与临床相结合，各项病理诊断准确及时，质量一流，不断提高病理诊断和鉴别诊断水平，积极开展与临床相结合的科研工作，继续努力探索判断胸部肿瘤预后及筛选指导肿瘤个体化治疗方案的客观指标，探索肺癌亚型的病理学研究及胸部肿瘤的分子遗传学分型,探索肺癌及食管癌的早期诊断方法。
