1959年1月，中医病房成立，郑更生等医师主持工作，临床开展中西医结合对冠心病的治疗，并开设了针灸门诊。1969年，开设中医门诊，由郑更生、王新琴等医师运用针灸、水针相结合的方法治疗风湿性心脏病，取得了一定的社会效应。1982年4月，病房扩展，重新设立命名为中西医结合病房，主要收治普肺、肺部肿瘤、心律紊乱、冠心病等病患。1990年11月，正式成立中医科，任命顾梦彪为科主任。1994年4月，中医科改为中西医结合科。1995年，任命金长娟为主任，同年开设专家门诊。2012年，任命张铭为主任继续主持中西医结合科工作。现有病床24张，2012年底将乔迁至新楼，病房将进一步扩展至45张床位。

经过40多年的发展，中西医结合科已成为上海市胸科医院临床学科的重要组成部分。长期从事中医、中西医结合治疗支气管肺癌、食管癌的医疗、科研工作，整体水平处于国内领先地位。2012年获国家中医药管理局“十二五”重点专科建设单位。目前，拥有主任医师1名，副主任医师2名，主治医师4名，住院医师1名（医学博士2名，在读博士1名，硕士2名）。

主要在支气管肺癌、食管癌、支气管扩张、病毒性心肌炎、慢性心力衰竭等心胸疾病以及晚期肿瘤的脑、骨转移的治疗中积累了丰富的经验。