麻醉科是广东省首批十三家“麻醉学临床重点专科”之一。麻醉手术科位于住院大楼10－11楼。科室技术力量雄厚，具有一支较为完整的人才队伍，现有医生28人，80%以上人员已获得或正在职攻读硕、博士研究生学历；护士51人，文员1人；麻醉科是中山大学麻醉学博士、硕士研究生培养点，同时承担本科生、轮科医师与进修医师的临床麻醉培训工作。麻醉科靳三庆教授现已培养硕士13名，博士5名，现有在读硕士、博士研究生5人。麻醉科近年来获科研基金100余万元，发表医学核心期刊论文20余篇，其中SCI收录论文5篇。
麻醉手术科有全功能层流手术室22间，门诊手术室8间，配备各种先进的麻醉机（22台）、监护仪（28台）、腹腔镜系统（10套）等麻醉与手术设备。科室全面开展了各类手术的临床麻醉，成功抢救了众多急、危、重症患者，广泛开展了PCA及无痛检查等工作。胃肠肿瘤外科是该院的特色专科，该类患者年龄大，并发疾病多，麻醉难度大，经过医护人员的努力，近年来无一例患者出现麻醉意外。消化内镜中心与生殖医学中心也是该院的特色专科，麻醉科派有经验丰富的医生前往开展无痛工作，使无数患者安全舒适的完成了相关检查与手术。
近年来，科室通过开展“服务年”等系列活动，讲专业知识、讲业务能力、讲服务态度、讲敬业精神、讲职业礼仪等，提高了技术水平，也大大改善了服务态度。科室还举行了“制度年”的系列活动，建立与完善了各项工作规章制度，有力地保障了麻醉、护理质量与安全。在临床工作中，麻醉医生严格执行早交班制度、危重病人讨论制度、麻醉三级医师负责制度以及“七查八对”制度和医疗隐患汇报制度等常规制度，并努力贯彻“避免疲劳麻醉”，“人性化管理与制度化管理相结合”等原则，做到了麻醉期间麻醉医师不离开病人一秒钟，真正成为患者生命的守护神。正是通过严格有序的管理，麻醉科自中山大学附属第六医院成立以来，从未发生过麻醉相关的死亡与伤残事件。
