医院专业科目开设齐全，整体实力较为雄厚，管理规范，有部分科目已走在国内的前列，有的已接近国际先进水平。 医院门诊开设有儿内科、儿外科、急诊科、皮肤科、神经康复科、中医科、耳鼻咽喉科、眼科、口腔科、保健科、理疗科等十一个专业，而每个专业还开设各种特色专科。

　　住院内科开设：PICU、新生儿内科、感染、消化、呼吸、肾病、血液、神经康复、心血管、内分泌等十个专业。

　　广州市妇女儿童医疗中心(以下简称“妇儿中心”)是于2006年9月经广州市编制委员会批准成立，由原广州市儿童医院和广州市妇幼保健院(广州市妇婴医院)整合而成，加挂广州市妇幼保健院、广州市儿童医院和广州市妇婴医院的牌子，为市副局级事业单位。核定事业编制2533名，核定床位1358张。妇儿中心现有在职人员2240人，其中高级职称人员252人，硕士以上学历298人，博士和硕士生导师36人。现有固定资产值3.46亿元。是集预防、医疗、保健、科研、教学为一体的医疗机构。其学科齐全、设备先进，为完善广州市妇女儿童医疗保健网络、提高广州地区人口素质提供有力的保障，使我市妇女儿童医疗保健事业上一个新台阶。

　　住院外科开设：泌尿外科、骨外科、新生儿外科、烧伤、小儿普外、心外科、胸外科、口腔外科、耳鼻咽喉科、眼科、NICU、麻醉科等十二个专业。

　　医技科室设置齐全，为临床的诊断和治疗提供了强有力的技术支持，医院中心实验室为医院的科研开展提供了良好的技术平台。

　　在广州市政府的关心支持下，医院于1998年建立“广州市重症儿童救治中心”，该项目被评为广州市“21世纪优先工程项目”。医院创建的广东地区新生儿危重病救治网络为全国首创，年转运危重病儿在1000人次左右，至今仍维持着没有一名患者在转运途中死亡的记录，因而被同行誉为“移动的ICU”。