广东省妇幼保健院小儿外科是广东省较早开展小儿外科疾病治疗的知名专科，经过数十年发展，逐渐形成了以小儿普通外科、小儿泌尿外科、小儿颌面整形外科、小儿胸外科、小儿骨科等多学科、技术力量雄厚的小儿外科体系。开放床位45张，现有主任医师、副主任医师5名，70%的人员具有硕士研究生学历。技术力量雄厚、设备先进、拥有Olympus多套腹腔镜设备及ERBE肝脏手术数码工作站、Johnson&Johnson数字超声刀、MMs荷兰全消化道测压仪设备等。广东省重点专学科儿科PICU为小儿外科急危重患儿的诊治提供了有力的保障。多项科研课题分别获省、市科技成果。在国家级杂志发在论文50余篇，编写专著1本，获国家专利1项。
专科特色在省内率先开展B超下肠套叠水压灌肠复位术，免除了X射线伤害及手术之苦，小儿血管瘤、淋巴管瘤的介入治疗积累了丰富的经验，腹腔镜下腹股沟斜疝、鞘膜积液、隐睾、阑尾炎、幽门肥厚性狭窄、肛门闭锁、梅克尔憩室、先天性巨结肠等手术为患儿提供了微创的手术治疗方法，Pena肛门成形术治疗中高位肛门闭锁提高了患儿手术后生活质量，完全经肛门巨结肠根治术（无痕手术）为先天性巨肠患儿免除了开腹手术之苦，肝脏肿瘤（肝母细胞瘤等）、胆道闭锁的治疗效果处国内领先水平。
2.小儿颌面整形外科是广东省唯一的一家A级“微笑列车”定点医院，每年免费为200百余名贫困唇腭裂患儿做整形手术。在小儿唇腭裂诊治方面形成了自己的特色，新生儿唇腭裂手术效果处国内领先水平。后期唇腭裂儿童术后语音康复治疗，可让孩子和正常人一样发音和生活。
3.小儿骨科重点开展四肢骨折、先天性马蹄内翻足、肌性斜颈、脑瘫后遗症、多指并指、先天性髋关节发育不良的手术治疗等。
4.小儿胸外科重点开展漏斗胸、先天性肺囊性病、食管裂孔疝、先天性隔疝、膈膨升的手术治疗重点开展先天性马蹄内翻足石膏矫形及手术治疗，肌性斜颈的局部按摩及手术治疗，多指并指的手术治疗等。
重点开展与妇产科相关疾病的外科治疗，逐步形成了以女性甲状腺疾病的外科治疗、腹腔镜下女性腹部外科疾病的诊治及阴道再造术等为特色的专科。
