四川大学华西医院胃肠外科中心是教育部国家重点学科、国家卫计委临床重点专科、我国胃肠外科疑难疾病诊治中心、卫生部内镜专业技术普通外科培训基地。中心长期致力于胃肠外科创新手术的探索与实践，旨在用最小的创伤、最好的手术效果为胃肠外科患者服务。中心现有床位156张（加床180张），年手术量6600余台。下设胃肠I病区与胃肠II病区；下分胃肠外科疾病、结直肠肛门外科疾病（肛肠外科疾病）、炎性肠病、肠瘘及胃肠营养、疝与腹壁疾病、糖尿病及减重外科等亚专业。消化道疾病的外科手术治疗是中心的主要工作任务，其中，胃肠肿瘤、结直肠肛门肿瘤的外科治疗是胃肠外科中心的工作重心。中心在国内外首创了腹腔镜直肠癌TME超低位保肛术、开放式小切口结直肠癌根治术、标准腹腔镜胃癌根治术等新技术，使手术疗效提高、创伤减小，保肛率显著增加。中心获国家自然科学基金重点项目、国家杰出青年基金、863计划、卫计委公益行业基金、国家自然科学基金面上项目、青年项目、四川省科技创新团队等课题资助40余项，获得国家科技进步二等奖、三等奖、卫生部科技进步一等奖、教育部科技进步一等奖、四川省科技进步一等奖、二等奖、三等奖等奖项几十余项；2007年获得全国百篇优秀博士论文称号，实现华西临床医学历史上零的突破。近年发表论文700余篇，其中SCI收录论文300余篇。