华西医院胸外科创立于1954年，是国内最早建立的胸心血管外科专业之一。1978年获首批临床医学硕士学位授权，1993年获临床学博士学位授权。1994年创办《中国胸心血管外科临床杂志》，1997年创办《中国肺癌杂志》。2006年成为卫生部胸外科专科医师培训基地；2007年，被评为“国家重点学科”；2011年获评卫生部全国临床重点专科；2011-2016年连续六年在全国医院专科声誉复旦排行榜第4名（综合医院排名第一），2017年医院科技影响力全国排名第三名。

华西医院胸外科不但有着辉煌的历史，且始终具有自己的特色。上世纪80年代，在国内率先开展局部晚期肺癌的外科治疗（上腔静脉置换术、左心房部分切除术、体外循环下肺动脉主干/主动脉部分切除术），居国内领先水平并达到国际先进水平；创立了食管癌的食管分层吻合技术，极大降低了吻合口瘘发生率，达到国际领先水平；胸内食管胃半机械吻合术也具国际先进水平。尤其是近十几年来，该科创立的单向式胸腔镜肺叶切除术、胸腔镜下吸引侧压止血法、胸腔镜无抓持整块淋巴结清扫术为代表的全胸腔镜技术极大的促进了复杂性胸腔镜手术在国内的推广和普及。目前胸外科微创胸腔镜肺、食管癌手术和纵隔手术的比例已超过60%，个别医疗组已达90%以上。科室还在国内率先开展非体外循环下双肺序贯移植手术，并取得成功。

胸外科现有高级专业技术职称者14人，具有博士学位的临床医师达78％，博士生导师5人，硕士生导师8人。多人在国内行业协会担任主要工作。一人获国务院特殊津贴，3人被评为四川省学术和技术带头人，3人被评为四川省卫生厅学术和技术带头人。胸外科现有核定普通床位数148张，ICU床位4张。现设9个医疗组,每年门诊量46000余人次，年手术近3400例。