华西医院感染性疾病中心是我国西南地区感染性疾病疑难重症诊治中心，目前设有传染病房、感染病房及感染性疾病研究室。中心现有开放床位150张，并设有名老专家门诊、肝炎门诊、感染门诊、肠道门诊；年出院病人3500余例次，年门诊量8万余人次，其中肝炎门诊约6万人次。感染性疾病中心是国家首批设立的硕士、博士培养点及博士后流动站之一，也是国家药品临床研究机构抗感染专业基地。中心师资力量雄厚，现有教授、副教授15人，主治医师9人，博士生导师3人，硕士生导师5人；多人在国内各级专业学会和专业杂志任职任编。
传染病房主要诊治法定传染病，如：病毒性肝炎、艾滋病、流行性乙型脑炎、流行性脑脊髓炎、细菌性痢疾、伤寒等。传染病房是西南地区重症肝病治疗中心，具有各种重症肝炎抢救治疗的条件和技术，拥有人工肝治疗设施，包括血浆交换治疗及MARS治疗仪，彩超引导下的肝穿刺活检设备，在重大传染病的抢救治疗中具有较丰富的临床经验，并对省内外各级医院疑难重症传染病患者的诊治起着重要的指导作用；也是四川省及全国突发公共卫生事件-传染病防治工作的专家基地，参与各类突发传染病的现场抢救及指导工作。感染病房主要诊治除法定传染病外的各类细菌、真菌、病毒、衣原体、支原体、立克次体、螺旋体、寄生虫所致的各系统感染病。尤其对发热待诊、各类耐药菌感染、导管相关性感染、免疫功能低下者（器官移植术后、长期应用免疫抑制剂者、肿瘤患者）感染、肺外结核病、寄生虫感染等诊治具有丰富的经验。并对华西医院各临床科室、省内各级医院疑难重症感染患者的诊治发挥着重要的咨询及指导作用。根据“专病专治”和“医生跟着病人走”的医疗模式，感染性疾病中心初步设置亚专业为：慢性肝炎抗病毒治疗、终末期肝病的诊治、肝硬化、乙肝病毒感染垂直传播的阻断、深部真菌感染、耐药性细菌感染、器官移植后感染、肺外结核病、艾滋病与新发疾病及突发公共卫生事件等。
感染性疾病研究室属于生物治疗国家重点实验室，也是四川省感染性疾病分子生物学重点实验室。拥有分子生物学、细胞生物学、免疫学和实验动物学研究工作的技术平台和丰富经验积累，同时，我们有传染和感染病房共150张床位的临床科研基地，还有肝炎和感染特色门诊，每年收治大量的病毒性肝炎和各种感染病人，可以充分发挥临床与实验室相结合的优势，对临床急需解决的重大问题进行深入的研究。具有承担和完成感染性疾病的基础研究、临床应用研究、和新药的临床研究等课题的条件和能力。
