南方医科大学南方医院儿科专科团队集医疗、教学、科研为一体，综合实力位居广东省前列。儿童肾脏风湿免疫、儿童白血病、地中海贫血造血干细胞移植、儿童实体瘤为其主要专科特色。广东省地中海贫血防治协会挂靠单位，广东省儿童哮喘标准化门诊授牌单位，广东省基层医院儿童哮喘规范诊治示范培训基地。
现有医护人员118人，医生29人，正高2人，副高6人，中级10人。博导2名，硕导2名，为博士、硕士学位授权点。床位107张，分成两个区，移植层流病区床位19张，普通病区床位78张、危急重症床10张。
儿童血液病：科室从1980年开始开展小儿骨髓移植，1985年建成儿科造血干细胞移植中心，是华南地区最早开展造血干细胞移植的单位。已成功将干细胞移植应用于血液系统恶性肿瘤、免疫系统疾病及血液系统非恶性肿瘤等疾病的治疗，尤其是造血干细胞移植治疗重型β-地中海贫血在国内外享有一定声誉。采用国内外先进的协作组化疗方案治疗白血病，已完成CART治疗难治及复发ALL临床研究。已成功将干细胞移植应用于血液系统恶性肿瘤、免疫系统疾病及血液系统非恶性肿瘤等疾病的治疗，每年完成儿童移植100多例，至2019年12月底已完成各类造血干细胞移植1171例。
儿童肾脏风湿免疫性疾病：开设了儿童肾脏病专家门诊和夜遗尿专科专家门诊。诊治各种儿童难治性肾病，遗传性肾病，自身免疫性疾病，急慢性肾炎等，建立了慢性肾脏病的综合管理团队。专致于遗传性肾脏病基因诊断与精准治疗，诊断了多例罕见病。开展了儿童肾穿刺活检术，专科成立第一年已完成90余例儿童肾活检，最小年龄1岁8个月。同时开展了儿童自动腹膜透析治疗，小儿血液透析和持续肾替代治疗（CRRT）。与肾移植科合作，负责终末期肾脏病患儿移植术前及术后的管理。
儿童实体瘤：开展了脑瘤、神经母细胞瘤、淋巴瘤、肝母细胞瘤、肾母细胞瘤、骨肉瘤等实体瘤的实体瘤精准诊疗，率先在国内开展了脑瘤的自体干细胞移植支持下的强化疗及难治复发实体瘤的自体干细胞移植及靶向治疗，是国内少有的儿童脑瘤化疗单位。
危急重症专业：设备齐全，配备专科、专职医护人员，已开展儿童支气管镜检查和肺泡灌洗等技术。依靠精英团队多学科协作和严谨、优化的运作方案来实现全时、整体、有效的监护与治疗，运用多重呼吸机支持、血液净化、血细胞分离、ECMO等技术，进行各种疑难危重症、多脏器功能衰竭的救治。
儿童呼吸亚专业开设了儿童哮喘和慢性气道疾病专科专家门诊。组建哮喘患儿管理团队，开展儿童肺功能的检测，规范管理治疗哮喘患儿。病房开展鼻腔冲洗、气动式排痰治疗、震动排痰治疗等辅助治疗技术。
科室还与美国南加州大学洛杉矶儿童医院，CityofHope，哈佛大学医学院Brigham医院，英国谢菲尔德大学肾脏研究所，澳大利亚新南威尔士州大学儿童癌症研究院等知名大学医学院校建立长期稳定的合作关系，在国内外享有一定的声誉。
南方医院儿科移植中心被地中海贫血国际协会邀请为科学合作者，多次被该会聘为国际会议顾问和科学委员，是广东省地中海贫血防治协会挂靠单位，同时，也是华南地区儿童血友病治疗中心。2017年9月南方医院儿科团队荣获中国儿科医学最高奖项“宋庆龄儿科医学奖”。2019年入选广东省儿童血液肿瘤定点救治医院。牵头成立广东省医学会儿童危重症学会血液肿瘤危重症学组。
小儿风湿免疫肾病专业组通过分子基因诊断技术确诊了多例疑难罕见病例：如自身炎症性疾病、WT1突变相关肾病、塌陷型肾病、脂蛋白肾病、婴儿型常染色体显性遗传多囊肾病、肾单位肾痨、Dent病等，病例数位居华南地区首位。
儿童实体瘤专业组借助神经外科成立的华南神经肿瘤精准诊疗中心，有望在儿童脑瘤治疗方面达到国际先进水平。在强化疗基础上联合GD2CART免疫细胞治疗及半相合造血干细胞移植，提高难治复发的神经母细胞瘤治愈率。成立了儿童横纹肌肉瘤和神经母细胞瘤的MDT，参加了医院胶质瘤MDT。
此外，科室还开设了古中医儿科门诊，儿童生长发育与行为及儿童消化专科门诊，开展儿童健康体检、生长发育评估、疫苗接种指导等儿童保健工作。门急诊一体化中心未来的投入使用将进一步优化医疗资源，为患者提供更优质的医疗服务。自创院以来，儿科人在各级领导的带领下，以严谨的作风、精湛的医术、优质的服务，构建和谐稳定的医院文化，凝聚人心，共同营造规范有序的良好氛围。
在科研上，获得国家级和省部级课题数十项，在国外权威杂志发表移植相关SCI论文数十篇。先后获国家自然科学基金项目、广东省自然科学基金项目、广东省卫生厅科技计划项目、军队“九五”青年基金项目，参与了国家863课题1项，开展国际合作研究2项，取得一系列研究成果。
