南方医科大学（原第一军医大学）内科消化学组始建于50年代，1978年正式设立消化专科。在学科奠基人周殿元教授大力倡导和带领下，1955年国内率先引进硬式胃镜，1973年率先开展纤维结肠镜检查。1979年被批准为硕士学位授权点，1986年成为第一军医大学第一个博士学位授权点。1995年经中央军委批准成立全军消化内科研究所。2001年成为国家教育部首批全国重点学科。2010年被评为国家首批临床重点专科。2014年由广东省编制办批准设立南方消化病研究所。2015年入选广东省高水平大学重点建设学科。同时，作为国家药品临床研究基地专业科室、广东省“五个一科教兴医工程”重点专科、广东省首批重点专科、广东省胃肠疾病重点实验室、广东省胃肠疾病生物医学工程技术研究中心、广州市胃肠道早期肿瘤临床医学研究与转化中心，消化学科已成为院校“重中之重”发展学科。

作为华南地区乃至全国的优势和特色学科，由临床部、内镜中心、实验研究中心、《现代消化及介入诊疗》杂志编辑部等组成，广东省肝病学会亦挂靠在本学科，成为集临床、科研和教学为一体的综合性学科体系。临床部展开床位190张，已形成消化内镜介入诊疗、胃肠道早癌、胃肠动力、炎症性肠病、胆胰疾病、小肠疾病等特色亚专科。秉承“专家诊治、专科护理、专业服务”的理念，学科不仅凭借其完备的急诊绿色通道、多学科会诊制度、疑难重症讨论制度等服务于大众，也同时承担着中央和地方各级首长的保健任务以及新疆、西藏等边远地区的帮扶工作。不仅出色地完成了日常医疗工作、国内疑难病例远程会诊工作，同时参与国内临床指南制定及政府重大行政决策咨询论证工作。内镜中心作为华南地区最大的内镜培训基地，每年诊疗量达40000余例，与美国、日本、德国、新加坡等国家建立了长期、稳定的合作交流，不断开拓创新，始终站在内镜诊治的最前沿，例如在国际上首创透明帽辅助胃壁全层切除术（CASL），在国内最早开展POEM、ESTD、NOTES、Spyglass等国际一流内镜技术。