南方医院输血科原为第一军医大学南方医院采供血站，1950年南方医院前身即东北军区第二陆军医院开始组建血库，到1973年血库初具规模。1995年南方医院成立独立的输血科，2004年南方医院随第一军医大学集体转业地方。输血科现有教职员工20人，其中正高职称2名，副高职称1名，中级职称7名，初级职称7名，其他3名；其中具有医学博士学位2人，医学硕士学位2人，拥有博士研究生导师1人，硕士研究生导师1人。输血科成为中国医师协会输血科医师分会常委、中华医学会临床输血学分会常委、广东省医师协会输血科医师分会主委单位和广东省医学会临床输血学分会副主委单位。
输血科占地600多平米，设临床供血治疗组、输血检验组和组织配型实验室三个功能室组，开展的主要业务有临床用血管理、临床供血（全血、血液成份和血液制品）、自体输血、宫内输血、输血治疗、输血相容性检测、新生儿溶血病检测、血小板抗体筛查与配型、血栓弹力图（TEG）检测、组织配型和移植排斥检测等，成为集贮供血、输血检验、实验室诊断、输血治疗及教学、科研为一体的输血医学科，医教研技术力量雄厚。
输血科现拥有IH-1000全自动血型分析仪、Erytra全自动血型配血仪、TEG-5000血栓弹力图仪、全自动温控系统、高频热合机、血小板振荡仪、血液加温仪、专用储血冰箱、低温冰箱等临床输血专用仪器设备，还拥有ABI基因分析仪、ABIPCR扩增仪、UVItec凝胶成像系统、BiotecELX800微量酶标仪、Eppendorf5810R冷冻离心机、Nano-drop微量紫外分光光度计、OlympusCK41荧光倒置显微镜、EmbiTecRunOne电泳仪等科研和检测设备。
输血科承担了南方医科大学临床医学八年制、临床医学五年制、检验医学系等专业的《外科学》、《实验诊断学》和《临床免疫学检验》等专业的理论授课工作，特别是自2009年南方医科大学成立输血医学系以来，承担了该系《临床输血学》本科教学的全部理论学时授课，已培养了百余名输血专业的专门人才。
近年来，输血科获广东省科技进步三等奖1项、医院医疗成果二等奖、三等奖各1项。主持和参与“863计划”重大专项1项、国家自然科学基金3项，广东省科技计划课题2项，广东省自然科学基金2项，广东省医学科研基金1项，发表科研论文100多篇，主编和参编专著多本，多次主办国家级和省级学术会议和继续教育项目学习班。
