南方医院呼吸科正式创建于1978年，在学校和医院的大力支持下，经过全科医护人员三十余年的不懈努力，呼吸科在医教研各方面都取得了优异的成绩，科室初具规模。作为医院的重点科室，呼吸科目前主要由普通病房、呼吸重症监护病房、呼吸机管理治疗中心、呼吸内镜中心、肺功能检查室、慢性气道疾病研究室共6部分组成。现有普通床位54张，重症监护病房床位6张。
全科现有高级职称9人，其中博士生导师2名,硕士导师1名，全科有博士后1人，博士6人。多人在《南方医科大学学报》、《国际呼吸杂志》、《中国实用内科学杂志》、《实用医学杂志》、《中华哮喘杂志》、《中华临床杂志(中文版)》、《中华临床杂志(英文版)》、《中华结核和呼吸杂志》等国家级期刊杂志担任编委及特约审稿专家。呼吸科作为内科学博士学位授权点，呼吸病学硕士学位授权点，承担了国家级、省级继续教育项目各1项，培养博士、硕士研究生50余人，人才班、进修学员200余名。2000年以来，在医学核心期刊发表论文200余篇，拥有国家实用新型专利6项，主持和承担国家自然科学基金9项，中华医学会、广东省、广州市科研基金10余项。科室参与的《广东省传染性非典型肺炎(SARS)防治研究》获广东省科学技术奖特等奖，先后获广东省科技进步二等奖1项、三等奖2项，医疗成果奖二等奖1项、三等奖4项，科技进步三等奖3项，广州市科技进步三等奖1项。出版著作10多部，其中主编、副主编4部，教学多媒体3部，其中2部多媒体分别获全国优秀教育音像制品三等奖。作为总后勤部“先进基层党组织”，2003年呼吸科在抗击非典的斗争中表现突出，被授予广州市“抗击非典模范集体”。
呼吸科作为国家临床药理基地，肺功能、纤支镜呼吸机培训中心，拥有：耶格强迫振荡肺功能仪、6200肺体积描记仪、OLYMPUS内科胸腔镜和电子支气管镜、PENTEX电子支气管镜；瑞士伽利略、拉斐尔、美国PB-840、德国西门子Servoi，德国DragerEvita4、美国伟康无创呼吸机、澳大利亚RESMED无创呼吸机等呼吸机20余台，10余台多功能监护设备、便携式呼出气NO检测系统（NIOX-MINO，瑞典），设备总价值超过千万元。经过三十余年的努力，呼吸科医疗科研水平达国内先进水平，参加了多个全球多中心临床研究，如“InhaledSteroidTreatmentAsRegularTherapyInEarlyAsthma（哮喘早期吸入激素的规范治疗）”多中心研究的分中心，参加了国家“十五”攻关课题《肺栓塞规范化诊治的研究》以及国家“十一五”科技支撑计划项目《提高肺栓塞诊治水平的研究》多中心研究的分中心，先后参与了多项全球性多中心临床研究。近年来呼吸科不但对常见病、多发病如哮喘、慢性阻塞性肺疾病、肺部感染、肺部良、恶性肿瘤、各种急慢性呼吸衰竭的诊治摸索出一套成熟的诊疗规范，而且对少见疑难病如：肺栓塞、特发性间质性肺炎、肺泡蛋白沉积症、深部真菌感染、肺曲霉菌病、巨细胞病毒肺炎、卡氏肺孢子菌肺炎、组织胞浆菌肺炎、变应性肺泡炎和肺血管炎等呼吸系统疾病，尤其对对器官移植后的肺部感染有比较丰富的临床经验。呼吸科已成为集医疗、科研、教学为一体的并具有合理人才梯队的医疗研究中心，具备了在呼吸领域里参与国际竞争的实力。
