哈尔滨医科大学口腔医学院是一所集医疗、教学、科研为一体的具有专科特色的临床学院，其前身为创建于1958年的哈医大口腔医学系，是我国最早创建的口腔医学系之一，也是东北地区第一个口腔医学系。
经过几代人的不懈努力，几十年来不断发展壮大，于1999年成立了口腔医学院。
学院设有牙体牙髓病学、儿童口腔医学、预防口腔医学、牙周病学、口腔修复学、口腔正畸学科、口腔颌面外科学、口腔种植学、口腔颌面医学影像学、口腔组织病理学、口腔解剖生理学等学科，现有牙科综合治疗椅100台，病床80张，拥有锥形束CT、根管显微镜、热牙胶充填系统、数字曲面体层X线机、数字头影测量X线机等先进的医疗设备。
哈尔滨医科大学口腔医学为黑龙江省重点学科，口腔医学专业为黑龙江省重点专业，口腔临床医学是二级学科博士学位授权点，师资力量雄厚，拥有教职工157人，其中有博士学位的40人，占总人数的25%，硕士学位的82人，占总人数的52%。博士生导师4人，硕士生导师27人。现每年招收博士研究生5-8名，硕士研究生30-40名，本科生50名，进修生70-80名，成人教育学生80名，招生范围面向全国。
学院具有较强的科研实力，主要研究方向有“先天性唇腭裂病因学研究”、“牙源性干细胞及组织工程学研究”、“口腔颌面部肿瘤侵袭转移研究”和“骨与牙齿矿化相关机制研究”，近年承担国家级和省部级科研项目133项，取得多项省部级科研成果。学院大力开展国际间友好往来，先后与美国、日本、澳大利亚等国家的口腔医学院校建立了友好合作关系，每年接待多位国内外著名学者前来讲学和开展合作研究，同时也选派青年学术骨干和优秀研究生赴国外学习和交流。
