上海市儿童医院内分泌科于1980年建立，并首次在国内使用国产仪器进行新生儿甲状腺功能低下的筛查工作。1982年正式成立内分泌专科病房及门诊。

近十余多年来，随着内分泌病人逐渐增多，我科室对小儿内分泌疾病的诊治水平不断提高，对内分泌病人的检查及危重内分泌病例的抢救措施逐步完善。尤其是近几年来，随着小儿内分泌病人疾病谱的改变，我科室对小儿内分泌疾病如儿童性发育异常（性早熟、性发育不良、两性畸形）、糖尿病、矮小症、甲状腺疾病、肾上腺疾病、肥胖症及尿崩症等疾病的诊治水平明显提高，尤其是在对性早熟病人的诊治方面，我专业有较深的造诣，并制定了抗早熟I号、抗早熟II号复方中药合剂治疗性早熟的方案，治疗效果明显，从而减少了由此引致矮小等并发症的发生，成为我专业的突出特色。

上海市儿童医院内分泌科目前有高级职称4名，中级职称1名和初级职称3名，培养硕士研究生5名。近年来科室在科研上有很大的突破，成功获得上海市卫生局以上3项科研项目资助，其中国家自然科学基金资助项目1项，上海市科委自然基金资助项目1项，上海交通大学中青年交叉基金资助项目1项，在国内核心刊物上发表论文十余篇，参编学术书籍2部。