肿瘤医院内镜科创建于1978年，是全国最早建立的内镜专科。该科室拥有专业内镜高中级医师多名。擅长内镜下消化和呼吸道癌前期病变、早期癌的诊断和良恶性病变的治疗。拥有世界上最先进日本Olympus电子内镜系统：电子胃镜,电子肠镜,电子十二指肠镜，电子支气管镜,小探头三维超声内镜诊断系统，超声大肠内镜；治疗用的微波,高频外科治疗系统,智能氩气刀外科治疗系统，癌前病变和早期癌内镜下外科治疗系统。

目前内镜科能进行声带息肉、气管肿瘤、食管乳头状瘤、各种胃肠道息肉内镜下切除术；胃肠道癌前期病变治疗、各种导管的植入术，外科误缝在肠管的导管取出术，误缝的吻合口切开术，粘膜下肿瘤内镜下穿刺涂片诊断，内镜下止血，内镜钛夹术前定位，各种吻合口狭窄切开、气囊和探条式扩张器的扩张，肿瘤导致的狭窄或梗阻各种支架的置入术，以及应用微波、氩气刀、高频电，对腔内癌前期病变和良恶性肿瘤病变的治疗，卓有成效。

该科的结肠镜操作技术，运用了独创的力学原理，使患者减轻痛苦，缩短检查时间，99％插达回盲部。该技术曾获得上海医科大学临床医疗科技成果一等奖。