复旦大学附属肿瘤大肠外科的前身是复旦大学附属肿瘤医院腹部外科，创建于1952年，学科创始人是李月云教授。李澍、郑兆尧、朱慰祺、莫善兢、师英强教授先后担任科室主任。

2008年1月在原腹部外科基础上成立了大肠外科，开创了肿瘤医院大肠癌外科发展的新纪元,蔡三军教授担任大肠外科首任科室主任。2021年随着浦东院区的投入使用、为实现医院的“一体两翼”的跨越式发展，医院在原大肠外科基础上成立了大肠外一科和大肠外二科，李心翔教授担任大肠外二科科主任。