儿科是济宁医学院附属医院的重点临床科室之一，是集医疗、教学、科研、保健、康复于一体的大型临床科室，一贯秉承“一切为了病人”的服务理念，全方位为患儿服务，一直以来在鲁西南儿科界享有盛誉。医院2011.10.19正式启用妇儿大楼，目前儿科开放床位479张，分为新生儿重症监护病区（NICU）、儿童重症监护病区（PICU）、新生儿病区、非感染病区（包括血液病房、儿科肾脏病房、内分泌病房、风湿免疫病房）、神经系统疾病病区、消化系统疾病病区、呼吸系统疾病病区（分东西两个病区）、儿童康复病区、小儿先天性心脏病介入治疗病区，共10个病区，12个临床专业。现有医生83名，其中主任、副主任医师31人，主治医师28人，博士、硕士研究生49人。最大日门诊量900人次，平均600余人次，年门诊量20万人次，年出院病人近1万人次，危重病人抢救成功率95%。承担医学院医疗系、护理系，本、专科的中英文理论课教学和临床带教实习工作，承担山东省省级“儿科诊疗新进展”的继续医学教育项目，系山东省住院医师规范化培训基地之一。2010年11月17日与中国人民解放军总医院(301医院)第七医学中心中国人民解放军总医院第七医学中心附属八一儿童医院签约成为技术合作医院，为疑难重症患儿提供了全新的治疗手段，并为疑难、危重症患儿的转运开辟了绿色通道。

主要诊治儿内科常见病、多发病及危重病症。新生儿重症监护室（NICU），开放床位98张，为山东省最大的新生儿监护病房，拥有一流的监护抢救设备：10万级层流净化、中心监控设施；每个床单位均配备吊塔、LED灯、心电监护支臂、心电监护仪、暖箱或红外线辐射台；拥有西门子Servoi、小儿菲平呼吸机10台，斯蒂芬和雪弗兰CPAP10台；床旁X线摄片机、微量血糖仪、微量血气分析仪等等抢救设施，24小时监护。NICU具有雄厚的技术优势，主要收治超低和极低出生体重儿、围产期窒息、新生儿呼吸窘迫综合症、新生儿肺出血、新生儿呼吸衰竭、新生儿血型不合溶血病（ABO、Rh）、多器官功能衰竭等新生儿急危重病症，同时也进行新生儿重大手术后监护治疗。

2007年成立了儿童重症监护室（PICU），目前开放床位42张，为全省最大的儿童监护病房，病房设置同NICU，成功抢救儿童暴发性心肌炎、各种类型的休克、呼吸衰竭、心力衰竭、严重中毒等等儿童急危重病症。

儿童康复病区是鲁西南地区最大、功能最全的儿童脑性瘫痪防治、康复的病区，设有门诊和病房，主要治疗儿童脑瘫、脑发育迟缓、运动发育落后、语言发育迟缓等的康复治疗，对早产、多胎、窒息、核黄疸等高危因素出生的婴儿可早期发现脑瘫，早期干预、早期治疗。

先天性心脏病介入诊疗病区具有强大的技术优势，不开刀治疗先天性心脏病。目前已经成功完成1500例，为山东省首位，最小年龄为3月、体重4千克，成功实施了动脉导管封堵术。

开设了支气管哮喘、小儿癫痫、遗传内分泌、矮小专科、新生儿随访、先天性心脏病、儿童保健专科门诊。