江苏南京治疗两性畸形比较好的三级医院包括南京鼓楼医院、江苏省人民医院.榜单医院是博禾医院库基于复旦医院排行榜、省市卫健委、卫生部以及医院等级评级和当地影响力综合产生。南京鼓楼医院是全国生殖医学科医院排行榜第6位、江苏省人民医院是华东区生殖医学科医院排行榜第5位。
全国生殖医学科医院排行榜第6名:南京鼓楼医院（南京大学医学院附属鼓楼医院），建于1892年，为中国最早的西医院之一，鼓楼医院目前已发展成为学科门类齐全、师资力量雄厚、医疗技术精湛、科研实力较强的大型研究型综合性三级甲等医院。
华东区生殖医学科医院排行榜第5名:江苏省人民医院，暨南京医科大学第一附属医院、江苏省临床医学研究院、江苏省红十字医院。江苏省妇幼保健院作为江苏省人民医院妇幼分院，实行一体化管理。坚持“以人为本、回报社会”的宗旨。
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