上海治疗先天性泌尿系畸形比较好的三级医院包括海军军医大学第一附属医院、上海交通大学医学院附属仁济医院.榜单医院是博禾医院库基于复旦医院排行榜、省市卫健委、卫生部以及医院等级评级和当地影响力综合产生。海军军医大学第一附属医院是全国泌尿外科医院排行榜第6位、上海交通大学医学院附属仁济医院是全国泌尿外科医院排行榜第7位。
全国泌尿外科医院排行榜第6名:上海长海医院位于东海之滨、黄浦江畔，创建于1949年7月，始称华东军区人民医学院附属医院，1951年7月改称第二军医大学附属医院，1958年9月更名为第二军医大学第一附属医院，1962年起对外称长海医院，2017年建制为海军军医大学第一附属医院。经过70多年的建设发展，已成为一所学科门类齐全、综合实力强劲的现代化大型综合性三级甲等部队医院，发展形成“一院两区三附属”格局。
全国泌尿外科医院排行榜第7名:上海仁济医院建于1844年,是上海开埠后第一所西医医院。医院目前由东西南北四个院区和上海市肿瘤研究所组成,是一个学科门类齐全,集医疗、教学、科研于一体的综合性三级甲等医院。
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