全国治疗卵巢囊肿比较好的三甲医院包括复旦大学附属妇产科医院、浙江大学医学院附属妇产科医院、西北妇女儿童医院、上海市第一妇婴保健院、重庆市妇幼保健院.榜单医院是博禾医院库基于复旦医院排行榜、省市卫健委、卫生部以及医院等级评级和当地影响力综合产生。复旦大学附属妇产科医院是全国医院综合实力排行榜第85位、浙江大学医学院附属妇产科医院是全国医院综合实力排行榜第91位、西北妇女儿童医院是西北区医院综合实力排行榜第20位、上海市第一妇婴保健院是全国妇产科医院排行榜第10位、重庆市妇幼保健院是全国生殖医学科医院排行榜第7位。
全国医院综合实力排行榜第85名:复旦大学附属妇产科医院设有普通妇科、妇科肿瘤科中西医结合妇科、妇科内分泌与生殖医学科宫颈与阴道早期疾病诊治中心、宫腔及输卵管疾病诊治中心、产前诊断与胎儿医学科、计划生育科、母体病理产科、普通生理科、新生儿科、乳腺科等多个全国领先优势科室。
全国医院综合实力排行榜第91名:浙江大学医学院附属妇产科医院（浙江省妇女保健院、浙江省妇女医院）是浙江省妇产科医疗、教学、科研及计划生育、妇女保健工作的指导中心，是在华东区乃至全国有较大影响力的三级甲等妇产科专科医院。
西北区医院综合实力排行榜第20名:西北妇女儿童医院是在陕西省妇幼保健院基础上筹建的三级甲等妇女儿童专科医院，是西安交通大学医学部非直属附属医院。医院近年来，先后荣获“全国文明单位”、“全国精神文明建设工作先进单位”称号。
全国妇产科医院排行榜第10名:上海市第一妇婴保健院创建于1947年2月，是我国最早成立的省市级妇幼保健院之一。1995年被评为三级甲等专科医院。2006年成为同济大学附属第一妇婴保健院。是上海市文明单位、上海市干部保健指定单位。
全国生殖医学科医院排行榜第7名:重庆市妇幼保健院（重庆医科大学附属妇女儿童医院 、重庆市妇产科医院、重庆市遗传与生殖研究所）创建于1944年，是一所集临床医疗、妇幼保健、科研教学为一体的三级甲等妇幼保健院。
