中医科成立于建院之初，是集医疗、保健、科研、教学于一体的临床一级学科。经过30余年的努力，得到了长足的发展，建立起一支有专长、有层次、有特色的医疗、护理队伍。目前拥有医师12名，护师8名。其中主任医师、教授5名（含江西省名中医3人），副主任医师3名，主治医师3名；主管护师4名；硕士学位6名。

中医科主要开展门诊与住院医疗、老干部保健、实习生、进修生的教学工作，承担国家级课题两项，省级课题十余项。目前有病床20张，主要收治以风湿病、脾胃病、肝胆病、心血管疾病等为主的常见病及各种疑难杂症。门诊设有普通诊室、专家门诊，年门诊量近3万余人次，居吉安市各大医院中医科之首。每年负责全院各科病房患者会诊达2000余人次，并承担了中医药保健任务。中医科还承担井冈山大学医学院、吉安市卫校的教学任务，每年带教实习生20人次，见习生350名。