二部病理科成立于2011年2月，承担院内外临床组织及细胞学病理诊断以及科研和教学任务，是省内综合性医院中硬件设施及工作环境一流的医技科室。2015年10月迁入新址，现科室占地面积1000余平米，科室配备国际化标准的仪器设备，包括恒冷切片机、全封闭自动脱水机、全套自动染色及封片仪、全自动免疫组化仪、原位杂交仪及细胞DNA检测分析仪等，并设有新鲜组织标本冷藏系统，拥有固定资产800余万元，可完成从人体组织细胞到蛋白和分子水平的检测，科室年病理诊断量近2万例。科室现有诊断医生6人、技术人员5人，辅助人员1人；其中教授1人，硕士研究生导师1人，博士学位1人、硕士学位9人；在学科带头人倪劲松主任的领导下成立了远程专家会诊工作站，承担了省内5家基层医院病理科术中冰冻切片及疑难病例会诊业务，促进了基层医院病理诊断水平的提高，并减轻了患者的负担，2015年远程会诊病例达800余例。

科室目前开展的项目包括：常规活体组织检查、快速冰冻诊断、肾组织活检病理诊断、脱落细胞学诊断、穿刺细胞学诊断、肿瘤细胞DNA检测、细胞及组织的免疫组化检测，现拥有免疫组化抗体200余种，可广泛用于肿瘤诊断、分类、评估预后以及指导靶向治疗。并且开展胃镜组织标本幽门螺杆菌检测、HPV检测及荧光原位杂交(FISH)等新项目。病理科在分子病理检测方面快速发展，于2012年5月获得加拿大不列颠哥伦比亚肿瘤研究院（BCCA）的授权、并成为长春市首家宫颈癌筛查DNA定量分析技术示范医院，此项工作大大推动了该省宫颈癌早期筛查事业的发展。并于2015年10月成立PCR实验室，极大地便利了肿瘤患者实行个体化治疗。