消化内科是北京医院具有很强实力的治疗消化系统疾病的临床科室。承担着高干医疗保健、普通医疗、老年医学研究、北京大学医学部教学等任务。开展了现代化治疗疾病的新技术，新方法，并与国际医学界有广泛的交流。
消化内科现有在职医师18人，其知名专家2人，主任医师4名，副主任医师5人，博士8人，硕士7人。每天均有消化专家门诊，病房有重症监护和抢救设备，严格执行三级查房制度，及时解决病人问题，全体医护人员具有良好的医德医风。消化科是北京市消化专科医师培训基地；国家临床药物试验基地；消化科已通过北京市消化内镜诊疗技术准入评审，获得开展4级内镜下治疗工作资格（最高级别）。
消化内科下属有病房、门诊、消化内镜中心、消化实验室、胃肠动力室等，全面处理食道、胃、小肠、大肠、肝脏、胆囊、胰腺等腹部脏器的相关疾病，年门诊量12万人次，患者满意度很高。
消化内镜中心：具有先进的电子胃镜，电子结肠镜，电子十二指肠镜，超声内镜，胶囊内镜,放大内镜及各种与之配套的内镜治疗设备。占地500余平方米，有多个操作间，可同时开展7台操作，目前每日5个操作台同时开展内镜的诊治，每年完成内镜15000余例。2003年开始开展无痛内镜检查治疗，特别在老年患者无痛内镜检查治疗方面积累了丰富的经验，为广大患者消除了对内镜检查的痛苦及恐惧；2004年始开展经皮胃镜引导下胃造瘘术，目前已完成近500例，效果良好。消化内镜室除承担常规的胃、肠、胆道检查外，主要开展以下治疗项目：
1．非静脉曲张胃肠道出血：经内镜喷药、注射、单极电凝、热探头、金属夹止血治疗。
2.肝硬化食道胃底静脉曲张破裂出血：采用多环套圈结扎、硬化剂注射、组织胶注射治疗。
6．胃、肠道息肉及早期胃肠癌：应用电套圈、电凝、氩气、内镜下粘膜切除（EMR）、内镜下粘膜下层剥离术（ESD）等治疗。
7．肝外胆总管梗阻、胆总管结石：行十二指肠乳头切开、碎石、取石、放置胆管支架、鼻胆引流等。
消化实验室：配备有酶标仪、扩增仪等。开展了13C呼气试验检测幽门螺杆菌及粪便幽门螺杆菌多肽快速检测，13C呼气试验检测肝储备功能，胃蛋白酶原早期胃癌的筛查检测，癌性标记物CA242测定等。
胃肠动力室：食道24小时酸碱测定，食道压力测定等胃食管反流病（GERD）的相关检测；便秘相关检查：肛门、直肠动力学测定，结肠通过时间测定等。
