北大医院病理科目前是由北京大学病理系统牵头的国家211工程、重点学科点的主要组成单位。

目前病理科在1，000平方米的空间环境中，拥有常规大病理量病理切片制作技术室，全自动化先进的常规技术大型设备，免疫组织化学实验室和分子病理实验室。年外检量逾20,000例，非妇科细胞学3,000例，尸体解剖30例以上。科内拥有合理的病理技术和诊断，以及科研教学工作的人才队伍。医生教师队伍包括教授或主任医师2名、副主任医师3名，主治医师3名，住院医师3名。上述医生队伍，多数在硕士以上学位以上，并在国外进修或取得博士学位。另外常年参与外检、科研和教学工作的还有外院培训住院医师、研究生，进修生和长学制医学生等8-10人。

应用于日常工作的现代病理技术包括开展有100多种标记的免疫组织化学，原位杂交和其他分子病理技术，用于疾病诊断和鉴别诊断，肿瘤分类，一些预后和预测因子的评估等。开展的亚专科病理学包括淋巴造血系统，乳腺疾病，妇科疾病，软组织肿瘤，间质性肺病等。科学研究围绕这些专科病理，获得国家自然科学基金，教育部或卫生部等基金资助。

病理科为北京市和国家病理专科（住院）医师培训基地，是北京大学住院医师培训专家委员会病理学组负责人所在单位，招收病理学硕士和博士研究生。

病理档案存储包括密集架形式并能存储往后15年左右病理资料，以及纸质、病理切片和蜡块的病理档案室，并实现数据化管理。