内镜中心成立于2012年10月，是北大医院的新兴科室，由原外科胃镜室、内科胃镜室及外科胆道镜室三个亚单位构成，建立成为一个统一的消化内镜工作平台，开展各种规范化的内镜诊断及微创治疗。2017年元月北大医院内镜中心被评为中国内镜学院全国培训基地。

内镜中心总面积约800平米，其中胃肠镜诊查室10间，ERCP室1间，胆道镜室1间。内镜中心目前拥有国内外知名内镜专家团队和专业的内镜护理团队，包括专职医师13人，兼职医师20人，内镜护士、技师及其他消毒辅助人员25人，承担着每年约32000人次的门诊及住院患者的内镜诊疗工作。内镜中心目前拥有最新型电子胃镜，高清电子放大胃镜，电子结肠镜，高清电子放大结肠镜，电子十二指肠镜及胆道镜，电子超声内镜，小肠镜，胶囊内镜及高频电刀、数字胃肠机等多种诊断及治疗设备。

近年来，随着内镜设备及技术的发展与进步，越来越多的消化系统疾病可以通过内镜进行早期诊断及微创治疗。目前内镜中心已经成熟开展胃镜、结肠镜、超声内镜、胶囊内镜、小肠镜、息肉切除术、超声内镜引导下穿刺活检(EUS-FNA)，早期食管癌，早期胃癌，早期结肠癌内镜粘膜切除术(EMR及ESD)，内镜胃造瘘，消化道狭窄扩张，支架置入，胰胆疾病的内镜治疗(胆道镜及ERCP)等内镜诊断及治疗技术。以上技术均居国内领先地位，随着内镜诊疗技术高速迅猛的发展，我们将开展更多的内镜诊疗工作，为广大的患者服务。