针灸科成立于1955年，是全国创建最早、规模最大的针灸科之一。历经60年的发展，科室现已成集针灸科、神经内科和康复科三位一体的医疗、科研和教学中心，是针灸硕士、博士授权点，并建有博士后流动站，是国家中医药管理局“十二五”重点专科和重点学科建设单位。现有针灸及神经内科医生25人，其中主任医师9名，副主任医师10名，主治医师6名。日门诊量达800余人次左右，设有10个针灸诊室、2个神经内科门诊和3个病区及大型康复训练室。每年培养博士和硕士15-16名，接受数十名国内外进修医师的培训工作，先后派专家前往美国、英国、德国、瑞士、奥地利、芬兰、澳大利亚、马来西亚等国家进行医疗服务或学术交流，扩大了该院在国际上的知名度。

针灸科主要病种：中风病、脊髓病、中枢神经系统变性疾病如多系统萎缩、帕金森综合征等、运动神经元病、痴呆、卵巢功能不全、月经不调、焦虑抑郁状态、尿潴留、尿失禁、周围神经病变、小儿近视、弱视和斜视、骨关节病、减肥等。

科室牵头承担国家和部局级课题20余项，其中国家“十一五”、“十二五”支撑计划项目各1项、国家重大发展计划（973）项目临床课题1项、国家自然基金项目7项等；项目研究成果已获得中国针灸学会科技进步二等奖2项、三等奖3项，局级科技进步奖多项；近5年来共发表核心期刊论文200余篇，其中SCI论文40余篇。