消化科是医院建科最早的科室之一，对先天性幽门狭窄、肠套叠、食管返流、慢性胃炎、消化性溃疡、婴儿肝炎综合症、婴儿黄疸，各种腹泻病等常见病及部分疑难病症的诊疗积累了大量的临床经验。科研专利——秦莲灌肠液治疗婴幼儿秋季腹泻疗效独特。应用先进的儿童专用电子胃镜，开展了无痛胃镜检查和无痛胃镜取异物等技术。可迅速为患儿取出发卡、缝衣针、螺丝钉、圆珠笔、钱币、电池等多种异物，使患儿免除了开腹之苦，手术之痛。随着消化内镜检查治疗技术的开展，积累了较丰富的临床经验。对反复腹痛、上消化道出血、原因不明的贫血、呕吐、慢性腹泻均有独特的见解。该科开展了无痛胃镜技术，免除了患儿痛苦恐惧感，方便了内镜操作，赢得了家长的欢迎。超声引导下无痛肝穿刺是该科拟开展的诊断穿刺技术，安全快速准确，为提高儿童肝脏疾病诊断水平打下了基础。借助食物不耐受检测仪、欧蒙体外过敏原检测仪、生物共振检测仪相关设备可对因食物或吸入过敏原引起的消化道疾病进行诊断和治疗。