北京市通州区妇幼保健院小儿外科为院级特色科室，是通州区唯一一家小儿外科专业科室，同时，也是北京市妇幼系统唯一一家小儿外科。

科室成立十余年，目前年门诊量约两万人次，年住院手术例数约400余台，特色诊疗为“经脐部单孔腹腔镜微创手术”，在小儿常见病、多发病如：隐睾症，腹股沟斜疝，鞘膜积液，精索静脉曲张及急慢性阑尾炎等方面具有丰富的临床治疗经验。获得北京市卫计委颁发的第一批开展小儿腹腔镜三级手术资格单位。

医院购置先进的美国史塞克公司（三代高清）腹腔镜手术系统，目前已完成各类腹腔镜手术数百例无一例严重手术并发症的发生。

目前还可开展的小儿外科疾病包括：甲状舌管囊肿，鳃源性囊肿及瘘管，包括毛母质瘤等在内的各种体表肿物，舌系带过短，多指并指，包茎、包皮过长，阴茎下弯，尿道口囊肿，等疾病，取得了很好的治疗效果。

针对部分小儿意外伤害所致外伤开展皮肤美容缝合技术操作，取得了家长的好评。