消化内科是该院最古老的专业之一，经过多代人的不懈努力和辛勤的耕耘，于2010年元旦独立成科，现下辖消化科病区、消化内镜中心和消化专科门诊。该院消化科在闽南地区实力较雄厚，具有很强的技术力量和合理的临床梯队，是福建医科大学硕士点，是福建省消化分会常委单位，是福建省第一批授予的可开展四级消化内镜诊疗技术单位。医护人员50余名，有主任医师5名（副教授3名），硕士研究生导师1名，副主任医师3名，主治医师6名，住院医师7名，有硕士学历15名。消化内科病区拥有72张核定床位（鲤城院区52，东海院区20张），每年收住病人约2000余人次，其中危、急、重病人占了约35%，是泉州地区收治重症和疑难病例最多的医院之一。
消化科病房根据病种又细分为：胃肠疾病组、肝胆胰疾病组、胃肠肿瘤化疗组、内镜下治疗组等，均由经验丰富的主任或副主任医师担任各治疗组组长。
1.胃肠疾病包括从食管到肛门的全部消化道脏器出血、炎症、畸形等疾病，对诊断和治疗炎症性肠病（IBD）、幽门螺杆菌感染相关性疾病等方面有丰富的经验。
2.肝胆胰疾病组形成了以重症胰腺炎的规范、综合治疗为拳头，胰腺组以腹腔灌洗、床边持续血液灌流联合血液透析、胰腺假性囊肿置管外引流等一系列综合措施治疗重症胰腺炎的临床特色。开展的技术项目还有：①肝癌介入及综合治疗：肝动脉栓塞化疗术（TAE+TAI）和经皮肝癌内无水酒精注射术（PEI）；②肝硬化门静脉高压症的介入治疗：经颈内静脉肝内门腔分流术（简称TIPS）；③恶性梗阻性黄疸的介入治疗：经皮肝穿胆道引流术（PTBD）和经皮肝穿胆道支架置入术（PTBS）；④彩超引导下经皮肝细胞穿刺活检术及肝、胆置管外引流术；
3.胃肠肿瘤化疗组：胃癌、肠癌、食管癌、等各类实体肿瘤的内科治疗和综合治疗。
4.内镜下治疗组开展的医疗技术特色有：①内镜下球囊扩张和金属支架治疗贲门失弛缓症、各类吻合口狭窄和其他良性食管狭窄；②内镜下可回收金属支架置入术治疗食管气管瘘、食管纵隔瘘、吻合口瘘；③内镜下可回收金属支架置入术治疗各种食管狭窄、吻合口狭窄和十二指肠狭窄，结肠肿瘤等引起的梗阻等；④内镜下注射、金属夹、高频电凝和热极等方法治疗各类上消化道出血；⑤内镜下各种上下消化道异物取出治疗；⑥内镜下高频电凝切等方法治疗食管、胃、大肠息肉和腺瘤。⑦胶囊内镜诊断隐匿性消化道出血、肿瘤和小肠疾病；⑧超声内镜诊疗技术：诊断食管、胃十二指肠肠占位性疾病，超声内镜细针穿刺术，超声内镜下放射粒子植入术，超声内镜下肿瘤标记术，超声内镜下肿瘤注射治疗术、超声内镜下假性囊肿引流术等等。⑨经内镜胃肠黏膜切除术，如内镜下黏膜切除术（EMR）及内镜下分片黏膜切除术（EPMR），内镜下多环黏膜套切法（MBM），内镜下黏膜剥离术（ESD）等等。⑩内镜下食管曲张静脉套扎术（EVL）和硬化剂注射术；⑪经胃镜胃造瘘术（PEG）；⑫经口经隧道消化内镜诊疗技术：经口经隧道内镜下贲门括约肌切断术（POEM）和经口经隧道内镜下间质瘤摘除术。
