福建省妇幼保健院小儿外科现有主任医师一名，副主任医师2名，主治医师1名，住院医师2名，编制床位15张，实际可用床位28张。主要开展儿童普外、儿童泌尿外、儿童肿瘤、儿童整形、新生儿外科临床工作，每年住院手术500例。住院病人近800人，门诊量1万人次，配备门诊手术室。具体诊疗项目有：

新生儿常见外科病的诊治：先天性食道闭锁、先天性肠闭锁，新生儿肿瘤、膈疝，脐疝、脐膨出，腹裂、新生儿巨结肠等．其中1998年成功施行福建省首例食道闭锁手术。至今先后手术治疗食道闭锁8例，存活5例。先天性肠闭锁手术成功率达90％，达国内先进水平。新生儿短肠综合征治疗效果良好，成功治愈一例小肠残留仅45cm的患儿。对早产儿的手术治疗技术先进，成功对一名体重仅1.3公斤的低体重儿施行多发性肠闭锁手术治疗。

儿童普外主要收治腹股沟疝、先天性巨结肠，胆总管囊肿、消化道穿孔、肠套叠、阑尾炎、胆囊炎、美克尔憩室肠重复畸形、膈膨升、直肠舟状窝瘘、直肠息肉等病种，其中先天性巨结肠治疗成功率已达国内先进水平，尤其是近3年来还成功治疗了4例的全结肠巨结肠；急性肠套叠空气灌肠复位成功率达90％以上。

小儿泌尿外科主要开展小儿隐睾、包茎、鞘膜积水，尿道下裂，输尿管异位开口，肾孟积水等疾病的临床治疗。

小儿肿瘤方面主要治疗血管瘤、淋巴管瘤、骶部畸胎瘤、腹部肿瘤、肝脏肿瘤以及其他体表肿瘤。其中2005年收治一例新生儿肝脏巨大肿瘤，手术获得成功；2006年7月成功治愈1例全腹恶性蝾螈瘤患儿。