九江市中医院肛肠科是江西省卫生厅重点专科，于1984年在中国中医研究院广安门医院的大力支持下成立，综合实力居省内领先水平。该科技术力量雄厚，设备一流，是集临床与科研一体的、有较大影响的、中西医结合的、收治结直肠肛门各种内外科疾病及中药灌肠美容保健的有独立专科中心建制的完整的肛肠专科。依托上海中医药大学龙华医院、第二军医大学上海长海医院、中国中医研究院北京广安门医院技术支持，发挥中、西医结合优势，治疗各种结直肠、肛门疾病。如结肠各种炎性疾病、结肠癌、直肠癌、便秘、息肉、痔疮、肛瘘、肛裂、脱肛、肛门狭窄、肛门失禁、大肠肛门先天性畸形、肛周湿疹、肛周性病、肛肠会阴综合症、痔前列腺肥大阳痿综合症等，以及中药灌肠、洗肠的美容保健。
其中：2、保留肛管精细控便功能的治疗痔疮最新技术一经吻合器痔上粘膜环切术（即PPH手术，目前完成例数居省内各院之首）居省内领先；
另外保留肛门的超低位直肠癌根治性切除术；痔疮、脱肛的中药消痔灵注射治疗、激光治疗；肠镜下结肠息肉电切术；便秘的病因分型治疗；肛周湿疹的病因治疗：复杂性肛瘘的挂线、引流：肛门狭窄、肛门失禁的整形手术等新技术有独到之处。
结肠炎专科江西省卫生厅重点专科，为江西省第一家结肠炎专科，综合实力居省内领先水平。技术力量雄厚，设备一流，是集临床与科研一体的、有较大影响的、中西医结合的、收治各种炎性肠病及中药灌肠美容保健的专科。突出祖国传统医学的特色，结合现代医学的理念和技术，专科专病特点突出，充分发挥中医及中西医结合的优势，专治溃疡性结肠炎、放射性肠炎、克罗恩病（克隆病）、血吸虫性肠炎、肠易激综合症、便秘等。以自配中药保留灌肠治疗（不用激素和柳氮磺胺吡啶，避免了二者的严重副作用）疗效显著，达国内先进水平（论文已在《中华中医药》杂志发表，并在中国中西医结合肛肠病专业委员会第九次全国会议上重点介绍）。拥有最先进的电子结肠镜、大肠水疗仪（洗肠机）、电脑灌肠仪、全电脑肛肠综合治疗仪等肛肠科专用设备。
