中医科成立于二十世纪五十年代，是九江市第三人民医院重点发展专科，以中医、中西医结合治疗内科常见病、多发病为主，以中医、中西医结合治疗晚期肿瘤为特色。

现有医护人员12名，其中高级职称医师2名，中级职称医师1名。科室应用传统中草药辨证论治，并结合针灸、推拿等中医技能治疗各类疾病。擅长于肺癌、乳腺癌、结直肠癌、胃癌及子宫癌等疾病的中医治疗，应用中医治疗慢性胃炎、胃十二指肠溃疡、胰腺炎、慢性结肠炎、功能性消化不良、便秘等疾病，应用中药可治疗恶性肿瘤放化疗后体虚及晚期肿瘤转移等疾病。规范化治疗老年慢性病、妇科月经不调、乳腺增生、外科术后肠粘连及腹腔脓肿、儿科消化不良、顽固性发热和咳嗽等多种疾病。