消化内科是亳州市唯一一家专科科室，设有专科病房、专科门诊、消化内镜室，是集常规内科治疗、内镜下诊断治疗、微创诊断治疗于一体的综合性专业科室。现有专科医师11人，其中主任医师1人、副主任医师2人、主治医师3人、硕士4人、在职研究生2人；护理人员12人，其中主管护师2人，护师8人，护士2人。

为提高消化内科及消化内镜诊疗技术水平，科室先后多人次至北京、上海、杭州、合肥等上级医院进修学习。科室在规范化开展消化内科疾病的诊断及治疗、危重病人的抢救等方面均有丰富经验，主治食道、胃、肠、肝、胆、胰腺等器官疾病，主要包括食管炎、消化性溃疡、消化道出血、慢性非特异性肠炎、肝硬化及肝性脑病、腹水、黄疸、腹泻、胰腺炎、消化道肿瘤、胃肠道息肉、胆总管结石等，并于近年来系统地开展了大量内镜下、及介入治疗工作，年操作例数近万余例。

为减少患者胃镜恐惧心理，在我市率先开展无痛胃镜检查，主要项目有胃镜、十二指肠镜、结肠镜检查、肝硬化门脉高压症患者的EVS治疗、ERCP、EST、ENBD、内镜直视下气囊扩张治疗贲门失迟缓症、食管良恶性狭窄的扩张及支架置入术、内镜下消化道息肉切除术、内镜下消化道高难度异物取出术、空肠营养管置入术、内镜下钛夹及注射止血等。