航天中心医院消化科已有40余年历史，是北京大学硕士点，附设内镜室及消化实验室。主要设备有奥林巴斯电子内镜系统、心电监护设备、微量输注泵等。病房具有传呼对讲、实时安全监护、整体卫浴、宽带上网、有线电视等现代化设施。主要开展业务有消化系统常见多发病的诊断与治疗，消化道危急重症的处理、内镜检查及治疗等。
本科室的开展的临床服务：包括各种胃肠疾病及肝胆胰疾病的诊断与治疗、消化道危急重症的处理、胃肠镜检查及镜下治疗、肝动脉导管治疗等。
科室的技术特色是治疗内镜及关于幽门螺杆菌的研究。治疗内镜项目包括急诊内镜、镜下止血、息肉切除、食管静脉曲张硬化治疗、异物取出、ERCP等。近年来开展的新技术有：食管静脉曲张硬化治疗、黏膜下注射止血、ERCP、EST、PTCD、TACE、食管支架植入等，取得了较好的社会效益。
科研工作：关于Hp的研究，先后完成了“.泮托拉唑三联与奥美拉唑三联根除幽门螺杆菌的对比研究”、“胃黏膜保护剂预防幽门螺杆菌培养上清夜所致胃黏膜损伤”、“含瑞贝克的PPI三联根除Hp的临床研究”、“北京地区Hp感染的流行病学调查”等研究项目，并发表了相关论文，现尚有两项正在进行的课题。
教学工作：自1993年承担教学任务，1996年承担北京医科大学教学任务，每年均接受实习生，自2003年开始承担全程临床教学，共有4名教师承担桥梁科及系统课教学，3名教师承担见习及实习带教，连续两年2人次获得优秀教师称号，4人次在讲课比赛中获奖，于2006年获得“先进教学集体”第一名。
质量控制及安全管理：在医院的统一安排及指导下，消化科在制度建设、流程化管理及人员的培训方面进行了较大的努力，较以前有了明显的提高，参照医院安全管理及质量控制的有关规定，科室成立了医疗质量安全管理小组、病案质量监督检查小组，并定期召开例会，并不定期对全科进行质量安全教育。对部分病种制定了诊治流程；质量管理小组中有两位老专家进行技术把关。根据医院《突发事件应急预案》的要求，健全了各种突发事件的应急预案，如停水、停电、发现可疑物等。在本科室的医疗安全中最危险的环节是突然停电，为此准备了简易呼吸器，并做到在内镜治疗前备好急救物品，做硬化治疗前备好三腔管。
护理与服务：消化科是医院开展整体化护理较早的科室，结合学习“张佩珊护理模式”的经验，在医疗、护理工作中做到“以病人为中心”，护理规范化，并准时参加医院的护理培训，护理质量有了明显提高，并开展了心理护理。医生在临床工作中贯穿着健康教育的内容，使患者在住院过程中能学习很多的科普知识，每位患者均能得到健康教育处方。
