北京中医药大学东方医院消化内科是在继承中国工程院院士董建华教授的学术思想逐渐发展起来的，分为东方分部和二七分部。目前是国家教育部中医内科学重点学科，国家中医药管理局中西医结合临床重点学科，国家消化病临床重点专科、国家中医药管理局脾胃病重点专科、北京中医药大学创新团队和中医内科学消化博士后流动站，博士和硕士研究生的培养基地。科室先后承担国家重大新药创制、国家“十一五”支撑计划、国家自然科学基金等30余项省部以上级课题，曾获国家教育部、中华中医药学会科技进步二等奖和北京市科技进步三等奖各一项，发表SCI论文10篇，取得专利4项。

北京中医药大学东方医院消化内科主要诊治胃肠和肝胆胰疾病，擅长鉴别各种原因引起的呕吐、腹痛、腹泻、腹水、黄疸、便血、消瘦等消化内科疑难杂症，其特色在于用中西医结合治疗肝硬化(酒精性、肝炎后、胆汁性)、消化性肿瘤(食管癌、胃癌、结肠癌、肝癌、胰腺癌)、胆结石、溃疡性结肠炎、上消化道出血、下消化道出血等疾病。用中医方法治疗食管炎、胆汁返流性胃炎、慢性萎缩性胃炎、顽固性胃十二指肠溃疡、功能性消化不良、习惯性便秘、脂肪肝、肥胖等疾病。开设有浅表性胃炎、萎缩性胃炎、胃食管反流病、功能性消化不良、功能性便秘、溃疡性结肠炎、肠易激综合征、大肠息肉、脂肪肝、肝硬化腹水、酒精性肝病、胆石症等专科门诊、脾胃肝胆科病房、消化内镜中心及C13呼气试验室等。

科室除了拥有肝功能剪切波量化超声诊断仪和彩色多普勒超声波诊断仪等最先进的肝病仪器设备，该科消化内镜中心还装备了目前国际上最先进的设备：激光共聚焦内镜、胰胆管直视内镜(SpyGlass)、U+双脉冲胆道碎石激光、C型臂(GE)、超声内镜、放大内镜、小肠镜、治疗内镜、鼻胃镜、十二指肠镜、模拟内镜等。目前开展的项目有：消化道早癌的诊断及治疗(ESD)、胰胆管狭窄的直视下诊断、食管静脉曲张套扎术/硬化术、食管狭窄扩张术/贲门失迟缓症扩张术、食管支架置放术、逆行胰胆管造影和镜下取石术、胆道内支架引流术、急性胰腺炎、慢性胰腺炎及胰管结石治疗术、经胃胰腺假性囊肿内引流术、胆道镜技术、内镜下胆道激光碎石术、胆管肿瘤射频治疗术、消化道息肉内镜下电切术、胃结石碎石术、经皮胃造瘘术、各种异物取出术、小儿逆行胰胆管造影、肠道狭窄支架放置术等，为发挥中医药特色与优势提供了很好的平台。消化内镜诊疗中心除接受长期进修人员外，还定期举办ERCP手把手学习班、消化内镜沙龙等学习活动，消化内镜诊疗技术一直位于国内先进、中医系统领先水平，保持着中西技术并强的优势。