该院斜视弱视专科成立于1996年，是目前浙南地区唯一的斜视与小儿眼科专科，主要从事小儿眼病、斜视弱视的临床、教学和科研工作。专科现有主任医师1人，副主任医师7人。现年门诊量超过3万人次，年完成斜视手术1000余台。

该科拥有综合验光仪、Optec3500视功能检测仪、MTI视觉筛查仪、儿童VEP检测仪、电黑斯屏、同视机等国内外先进的仪器；拥有临床诊室12个，弱视双眼视训练室2个。主要诊治儿童眼病、各种类型的屈光不正、弱视以及各年龄段的斜视手术治疗。治疗方法在常规的斜弱视训练和手术的基础上引进美国系列双眼视训练仪器，在国内首先开展斜视规范且完善的非手术治疗。

目前斜弱视专科已建成全国首家低视力验配中心，并建立双眼视功能训练和弱视训练基地。该科室还承担温州盲校儿童的定期检查和训练，主持国家继续教育项目----斜弱视诊疗及双眼视基础培训课程等等。